Фонд организует независимую экспертизу таким образом, чтобы оценка заявок была объективной, беспристрастной и проводилась в строгом соответствии с методическими рекомендациями.

Каждую заявку, допущенную до участия в конкурсе, оценивают как минимум два разных эксперта. Заявки попадают к экспертам через систему автоматического распределения, поэтому эксперты не знают заранее, какие именно заявки они будут оценивать, пока не увидят их в системе. 

Если в результате проведения независимой экспертизы оценки двух экспертов по заявке значительно расходятся, такую заявку отправляют на дополнительную экспертизу: через автоматическую систему распределения заявка попадает к другому эксперту, который еще не видел эту заявку.