Фонд использует собственную информационную систему под контролем Объединенного экспертного совета, чтобы направлять заявки на участие в конкурсе на независимую экспертизу. 

Информационная система распределяет заявки по экспертам конкурса автоматически, поэтому никто из участников или организаторов не может повлиять на распределение заявок.

Чтобы соблюдать конфиденциальность в соответствии с Положением о конкурсе, эксперты обязаны:

• хранить в тайне свой статус эксперта конкурса до того момента, как перечень победителей конкурса появится на сайте Фонда президентских грантов;
• хранить в тайне перечень заявок на участие в конкурсе, которые попали к эксперту на оценку;
• избегать контактов с заявителями, в том числе не обсуждать заявки на участие в конкурсе, не запрашивать напрямую документы, информацию или разъяснения, а также избегать любых действий, которые могут раскрыть личность эксперта перед заявителями;
• обратиться в Фонд президентских грантов за дополнительной информацией или документами от организации, в случае если у эксперта возникают вопросы при оценке заявки;
• сообщить Фонду президентских грантов о появлении обстоятельств личной — прямой или косвенной — заинтересованности в результатах оценки заявки, которая влияет или может повлиять на объективность при оценке заявки, и отказаться от рассмотрения такой заявки;
• отказаться от рассмотрения заявки организации, если эксперт либо близкие родственники эксперта являются сотрудниками или членами коллегиальных органов этой организации.

Фонд организует экспертизу таким образом, чтобы оценка заявок была объективной и беспристрастной:

• эксперты обязаны хранить в тайне свой статус эксперта конкурса до того момента, как перечень победителей конкурса появится на сайте Фонда президентских грантов. Состав экспертов не разглашается фондом;
• эксперты не вправе вступать в контакты с заявителями;
• эксперты не вправе рассматривать заявку организации, если они или их близкие родственники являются сотрудниками или членами коллегиальных органов этой организации, а также если имеются иные обстоятельства, дающие основание полагать, что эксперт лично — прямо или косвенно — заинтересован в результатах оценки заявки. О появлении подобных обстоятельств эксперты обязаны незамедлительно сообщать в фонд;
• эксперты обязаны строго следовать методическим рекомендациям фонда;
• эксперты обязаны сообщать в фонд о несоответствии заявки требованиям законодательства или Положения о конкурсе, о недостоверности представленной в заявке информации или о подложных документах — в случае выявления этих фактов. Как только объединенный экспертный совет подтверждает факты нарушений и выносит соответствующее решение, эксперт обязан прекратить рассмотрение такой заявки.